Tras el fallecimiento de su padre regresa a España y consigue el arciprestazgo de Uceda, enfrentándose con el arzobispo de Toledo, lo que significó el encarcelamiento de don Gonzalo por el arzobispo Carrillo durante algunos años. A pesar de su reclusión, Cisneros no renunció a su cargo, en el que fue mantenido por el cardenal Gónzalez de Mendoza, aunque el encierro debió de durar poco tiempo según se deduce en algunas biografías, pues poco después, en 1478, Cisneros era capellán mayor de la catedral de Sigüenza.
Sufrió una profunda crisis espiritual que le llevó a entrar en la orden de los franciscanos; fue entonces cuando sustituyó su nombre de Gonzalo por el de Francisco en honor a San Francisco de Asís. Se encerró en el convento de la Salceda y durante siete años llevó una vida monacal.
De allí lo sacó la Reina Isabel (Isabel la Católica) en el año 1492, tras convencerle de que aceptara ser su confesor, siguiendo los consejos del entonces arzobispo de Toledo, el cardenal González de Mendoza, primer protector de Cisneros.
Fue nombrado provincial de la orden franciscana y acometió en ella una profunda reforma; más tarde reformó el clero secular.
A la muerte del cardenal Mendoza en 1495, fue nombrado arzobispo de Toledo, lo que en la Baja Edad Media era ostentar el mayor poder tras La Corona, al ser Primado de España.
exissten dos iglesias magistrales, una en Alcalá de Henares y otra en Lovaina. ¿Por qué magistral? El título, actualmente poco más que honorífico, significaba entonces que una parte importante del cabildo de la iglesia debía estar formado por maestros (magister) de la Universidad. Con esta disposición, el Cardenal solucionaba otra de sus preocupaciones: dotar de jubilación a sus profesores eméritos, dado que al entrar a formar parte del cabildo estarían percibiendo una pensión vitalicia de las rentas eclesiásticas. De otra manera, al cesar por edad en sus funciones docentes en la universidad, no tendrían más sustento que el que hubieran podido ahorrar durante su vida activa. En su leyenda cuenta que fue un hombre justo.
Origen del apellido de familia
En 1501 el cardenal Cisneros instituyó la obligatoriedad de la identificación de las personas con un apellido fijo. Hasta entonces las personas se identificaban con su nombre y un apellido o mote que reflejaba el lugar de procedencia, el oficio o alguna característica de la persona, por lo que miembros de una misma familia, incluso hermanos, podían tener diferente apellido. Este sistema producía un tremendo caos administrativo para poder identificar a las personas por familias. A partir de la ordenanza de Cisneros, el apellido del padre quedaba fijado y pasaría a ser el de todos sus descendientes.
Una ciudad con su nombre
Durante la época en la que el Sáhara Occidental pertenecía a España, estaba dividido en dos provincias, y la capital de Río de Oro recibió en honor de este cardenal el nombre de Villa Cisneros, que hoy también se denomina Dajla.
